Strukturę organizacyjną Urzędu Patentowego RP reguluje Rozporządzenie Prezesa Rady Ministrów z dnia 3 lutego 2021 r. w sprawie nadania statutu Urzędowi Patentowemu Rzeczypospolitej Polskiej (poz. 248).
Na czele Urzędu stoi Prezes, który kieruje Urzędem przy pomocy zastępców Prezesa.
W skład Urzędu Patentowego RP wchodzą następujące komórki organizacyjne:
- Sekretariat Prezesa;
- Departament Zgłoszeń;
- Departament Znaków Towarowych;
- Departament Biotechnologii i Chemii;
- Departament Elektroniki i Mechaniki;
- Departament Rejestrów;
- Departament Prawny i Orzecznictwa;
- Departament Współpracy Międzynarodowej;
- Departament Innowacji;
- Departament Komunikacji;
- Departament Informatyki;
- Biuro Administracyjno-Gospodarcze;
- Biuro Finansowo-Księgowe;
- Biuro Dyrektora Generalnego.
W Urzędzie zatrudnieni są eksperci uprawnieni do samodzielnego orzekania w rozpatrywanych sprawach o ochronę własności przemysłowej oraz pracownicy służby cywilnej zajmujący się pracami administracyjnymi.